在席卷全球的災難“第二次沖擊”過后，人類于廢墟之上艱難重建文明。14歲的內向少年碇真嗣，應其疏遠父親碇元渡的要求，來到了神秘的“第3新東京市”。他原本期盼著久違的親情團聚，迎接他的卻是城市正遭受不明巨型生命體“使徒”猛烈攻擊的震撼景象。在千鈞一發(fā)之際，隸屬于秘密組織NERV的葛成美里將其救出，并帶往由父親所統(tǒng)領的NERV總部。然而，等待真嗣的并非溫暖的關懷，而是父親冰冷無情的指令：登上名為“EVA”的巨大人型決戰(zhàn)兵器，與使徒戰(zhàn)斗。內心充滿抗拒與恐懼的真嗣，在目睹了身受重傷、沉默寡言的替補駕駛員綾波麗后，出于復雜的責任感，最終選擇遵從命令。于是，毫無戰(zhàn)斗經(jīng)驗的少年，坐進了EVA初號機的駕駛艙，踏上了對抗未知敵人的命運之路。 隨著戰(zhàn)斗展開，更多謎團與挑戰(zhàn)接踵而至。來自德國的王牌駕駛員惣流·明日香·蘭格蕾加入了NERV，她驕傲自信的性格與真嗣形成鮮明對比。三位少年少女在共同對抗使徒的過程中，被迫直面內心的創(chuàng)傷、情感的糾葛與身份的困惑。神秘的綾波麗似乎與EVA和碇元渡有著深不可測的聯(lián)系；而明日香則背負著沉重的過去。在一次次生死搏殺中，他們不僅要保護人類，更要在戰(zhàn)斗中尋找自我存在的意義。與此同時，碇元渡與其領導的NERV高層，始終在幕后冷靜地操控著一切，一個旨在重塑人類的絕密“人類補完計劃”正按部就班地推進。真嗣和他的伙伴們，在拯救世界的同時，也一步步揭開隱藏在EVA、使徒以及人類自身背后的驚人真相。