在太平洋風(fēng)光旖旎的“神海島”上，柯南、小五郎、小蘭和園子一行人開(kāi)啟了一段期待已久的假期。這座島嶼不僅景色迷人，更籠罩在古老的傳說(shuō)之中：關(guān)于沉沒(méi)于深海的神秘古代遺跡“海底宮殿”，以及300年前兩位傳奇女海盜遺留下的巨額寶藏。這些傳說(shuō)吸引了眾多懷揣夢(mèng)想的尋寶獵人前來(lái)。 好奇心旺盛的小蘭和園子決定前往“海底宮殿”附近海域潛水探險(xiǎn)，卻意外遭遇了一群正在激烈搜尋寶物的獵人。然而，愉快的探險(xiǎn)瞬間被恐怖打破——一名獵人竟突然遭到鯊魚襲擊，當(dāng)場(chǎng)殞命！小蘭和園子驚險(xiǎn)逃脫，而敏銳的柯南察覺(jué)到此人的死狀異常蹊蹺，絕非普通事故。他與冷靜睿智的灰原哀一同，決心深入調(diào)查這起事件。 柯南堅(jiān)信，獵人之死必定與流傳數(shù)百年的寶藏傳說(shuō)緊密相關(guān)。他全身心投入到破解謎團(tuán)之中，“海底宮殿”的種種疑團(tuán)不斷縈繞在他的腦海。調(diào)查中，他發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵線索——一組名為“Jolly Roger”（海盜旗）的神秘詞匯，這讓他以為真相即將浮出水面。但局勢(shì)急轉(zhuǎn)直下，兇殘的獵人們突然集體現(xiàn)身，以迅雷不及掩耳之勢(shì)奪走了已發(fā)現(xiàn)的寶藏，更將小蘭和園子擄為人質(zhì)，她們的性命危在旦夕！ 此刻，柯南面臨著前所未有的雙重挑戰(zhàn)：他必須在時(shí)間緊迫的情況下，解讀出隱藏在古老傳說(shuō)背后的真實(shí)訊息，揭開(kāi)“海底宮殿”究竟埋藏著怎樣的歷史秘密；同時(shí)，他還要與窮兇極惡的獵人們周旋，設(shè)法營(yíng)救身陷囹圄的伙伴。一段穿越了300年時(shí)光的復(fù)雜暗號(hào)，交織著 greed、歷史與陰謀。少年偵探柯南將調(diào)動(dòng)全部智慧與勇氣，逐步解開(kāi)環(huán)環(huán)相扣的謎題，直面深海的黑暗，守護(hù)重要之人，并讓真相重現(xiàn)于紺碧（深藍(lán)）之海。