《特殊行動》以1948年至1950年為背景，講述了一段驚心動魄的國共諜戰(zhàn)往事。1948年5月18日，國民黨特務(wù)紀(jì)日輝向保密局長毛人鳳報告了中共中央領(lǐng)導(dǎo)人“零號首長”在河北城南莊的住處，導(dǎo)致其遭敵機(jī)轟炸。隨后，紀(jì)日輝的同學(xué)彭來峰又發(fā)現(xiàn)了零號首長及中央機(jī)關(guān)在西柏坡的行蹤。潛伏在毛人鳳身邊的共產(chǎn)黨員佟汗青，為保護(hù)首長，設(shè)計讓自己的女兒佟長纓前往西柏坡，表面執(zhí)行刺殺任務(wù)，實則意圖粉碎陰謀。毛人鳳對佟汗青心生懷疑，逼迫其同意讓佟長纓進(jìn)入保密局工作。佟汗青機(jī)智地挫敗了彭來峰的刺殺計劃，但彭來峰逃脫。 為了徹底控制佟長纓，毛人鳳編織謊言，稱佟汗青被共產(chǎn)黨所害，并派親信孫力接應(yīng)其家人，暗地里卻命令紀(jì)日輝殺害了佟長纓的母親和弟弟。目睹親人慘死的佟長纓悲痛欲絕，誓言報仇，并認(rèn)毛人鳳為義父，從此被卷入更深的陰謀漩渦。 1949年中華人民共和國成立后，零號首長計劃首次出訪蘇聯(lián)。毛人鳳指揮的國民黨保密局殘余勢力與大陸潛伏特務(wù)再度活躍，策劃了一場針對首長專列的精密刺殺行動。我黨安全保衛(wèi)部門與地下工作者臨危受命，在佟汗青等人的暗中協(xié)助下，與敵人展開了斗智斗勇、驚險萬分的反復(fù)較量。劇情在緊張的對峙與反轉(zhuǎn)中推進(jìn)，最終于1950年3月4日，零號首長的專列歷經(jīng)重重險阻，平安抵達(dá)北京，標(biāo)志著這場持續(xù)近兩年的“特殊行動”以我黨的勝利告終。全劇情節(jié)緊湊，人物命運(yùn)交織，生動再現(xiàn)了建國前后隱蔽戰(zhàn)線的殘酷斗爭與英雄們的無畏犧牲。