在哥斯拉墜入三原山火山口后，日本享受了五年難得的和平。然而，自衛(wèi)隊并未松懈，他們秘密啟動了兩項應對計劃：一是利用哥斯拉的細胞培育能夠克制它的“抗核細菌”（ANB）；二是將曾在以往戰(zhàn)斗中受損的超級武器“Super X”改造升級為更強大的“Super X2”。與此同時，三原山內(nèi)部傳來異動，哥斯拉的蘇醒引發(fā)了頻繁的地震，其輻射能量甚至導致白神博士一項悲痛的實驗失敗——他試圖將亡女的細胞與玫瑰融合的植物枯萎了。 深受打擊的白神博士轉而加入ANB計劃，并在執(zhí)念驅使下，做出了一個大膽而危險的舉動：他將哥斯拉的細胞與自己那融合了女兒基因的植物樣本結合，創(chuàng)造出了擁有可怕生命力的新生物——“碧奧蘭蒂”。然而，在一次意外中，碧奧蘭蒂被釋放，并在蘆之湖中吸收能量，迅速巨大化，成為新的威脅。 此時，三原山轟然爆發(fā)，哥斯拉震撼重現(xiàn)，以無可阻擋之勢向東京進發(fā)。自衛(wèi)隊全力阻擊卻收效甚微，最終派出王牌“Super X2”。這臺超級武器成功改變了哥斯拉的前進方向，但在哥斯拉持續(xù)不斷的狂暴攻擊下，“Super X2”也最終被擊潰。就在人類陷入絕望之際，局勢出現(xiàn)了意想不到的轉折：哥斯拉似乎被某種力量吸引，突然調轉方向，徑直朝著碧奧蘭蒂所在的蘆之湖移動。一場因人類科技與執(zhí)念而誕生的、介于植物與怪獸之間的奇異生命體，與代表原始破壞力的核能巨獸哥斯拉，即將展開一場決定東京命運的史詩級對決。