在哥斯拉墜入三原山火山口后，日本享受了五年難得的和平。然而，自衛(wèi)隊(duì)并未松懈，他們秘密啟動(dòng)了兩項(xiàng)應(yīng)對計(jì)劃：一是利用哥斯拉的細(xì)胞培育能夠克制它的“抗核細(xì)菌”（ANB）；二是將曾在以往戰(zhàn)斗中受損的超級武器“Super X”改造升級為更強(qiáng)大的“Super X2”。與此同時(shí)，三原山內(nèi)部傳來異動(dòng)，哥斯拉的蘇醒引發(fā)了頻繁的地震，其輻射能量甚至導(dǎo)致白神博士一項(xiàng)悲痛的實(shí)驗(yàn)失敗——他試圖將亡女的細(xì)胞與玫瑰融合的植物枯萎了。 深受打擊的白神博士轉(zhuǎn)而加入ANB計(jì)劃，并在執(zhí)念驅(qū)使下，做出了一個(gè)大膽而危險(xiǎn)的舉動(dòng)：他將哥斯拉的細(xì)胞與自己那融合了女兒基因的植物樣本結(jié)合，創(chuàng)造出了擁有可怕生命力的新生物——“碧奧蘭蒂”。然而，在一次意外中，碧奧蘭蒂被釋放，并在蘆之湖中吸收能量，迅速巨大化，成為新的威脅。 此時(shí)，三原山轟然爆發(fā)，哥斯拉震撼重現(xiàn)，以無可阻擋之勢向東京進(jìn)發(fā)。自衛(wèi)隊(duì)全力阻擊卻收效甚微，最終派出王牌“Super X2”。這臺(tái)超級武器成功改變了哥斯拉的前進(jìn)方向，但在哥斯拉持續(xù)不斷的狂暴攻擊下，“Super X2”也最終被擊潰。就在人類陷入絕望之際，局勢出現(xiàn)了意想不到的轉(zhuǎn)折：哥斯拉似乎被某種力量吸引，突然調(diào)轉(zhuǎn)方向，徑直朝著碧奧蘭蒂所在的蘆之湖移動(dòng)。一場因人類科技與執(zhí)念而誕生的、介于植物與怪獸之間的奇異生命體，與代表原始破壞力的核能巨獸哥斯拉，即將展開一場決定東京命運(yùn)的史詩級對決。