《美少女戰(zhàn)士R》延續(xù)了第一季的精彩，分為魔界樹篇和黑月帝國(guó)篇兩大篇章。在魔界樹篇中，月野兔、水野亞美、火野麗、木野真琴、愛(ài)野美奈子和地場(chǎng)衛(wèi)從與黑暗帝國(guó)的戰(zhàn)斗中復(fù)活，但失去了所有記憶，回歸平凡生活。然而，平靜被打破，外星人巖和安帶著瀕死的魔界樹來(lái)到地球，偽裝成學(xué)生收集能量。巖和安本為情侶，卻分別愛(ài)上小兔和阿衛(wèi)，情感糾葛加劇。隨著卡魔人的襲擊，小兔被露娜喚醒記憶，再次變身水手月亮，但起初她試圖獨(dú)自承擔(dān)戰(zhàn)斗，直到伙伴們遇險(xiǎn)，其他戰(zhàn)士的記憶也被迫恢復(fù)，美少女戰(zhàn)士重新集結(jié)。阿衛(wèi)仍未記起過(guò)往，戰(zhàn)斗中卻出現(xiàn)了神秘相助的月影騎士。小兔的胸針升級(jí)為月水晶，威力大增。魔界樹因吸收小兔和阿衛(wèi)的能量而暴走，巖和安因嫉妒發(fā)動(dòng)攻擊，最終在愛(ài)與正義的力量下被化解。 黑月帝國(guó)篇開(kāi)啟，神秘少女小小兔突然降臨，用魔法成為小兔的“表妹”，實(shí)則為尋找銀水晶拯救母親。她不斷被黑月帝國(guó)追殺，每次危機(jī)都釋放能量引導(dǎo)戰(zhàn)士們救援。敵人中的魔界四姐妹逐漸醒悟，在戰(zhàn)士們幫助下改邪歸正。新戰(zhàn)士水手冥王星登場(chǎng)，揭示更多秘密。阿衛(wèi)經(jīng)歷心魔后與小兔重歸于好。隨著暗黑之門完成，小小兔帶領(lǐng)戰(zhàn)士們穿越到未來(lái)水晶東京，揭露黑月帝國(guó)的野心，并得知小小兔竟是未來(lái)小兔和阿衛(wèi)的女兒。被瓦斯曼迷惑的小小兔變成黑暗淑女，但最終在父母和戰(zhàn)士們的真愛(ài)感召下醒悟。小兔和阿衛(wèi)不惜犧牲，用兩顆銀水晶的力量擊敗瓦斯曼，拯救地球與未來(lái)。世界恢復(fù)和平，小小兔返回光明的未來(lái)，留下感人至深的成長(zhǎng)故事。