在一年一度的七夕佳節(jié)即將來臨之際，東京、神奈川、靜岡、長野等地卻籠罩在恐怖的陰影之下——六起手段詭異的連環(huán)殺人案接連發(fā)生，每處現(xiàn)場都留下了麻將牌中的“七筒”以及含義不明的奇怪暗示。由于案件橫跨多個轄區(qū)，日本各地警署的精英探員們紛紛匯聚于東京警視廳，組建了聯(lián)合專案組。大名鼎鼎的“沉睡的小五郎”毛利小五郎也應(yīng)邀參與會議，而化身江戶川柯南的工藤新一則憑借孩童的身份，巧妙地潛入并竊聽了會議內(nèi)容。 會議結(jié)束后，柯南偶然聽到群馬縣那位迷糊的警部山村操哼唱的一首古老童謠，這不起眼的線索讓他驚覺，那個龐大而黑暗的黑衣組織已經(jīng)派遣成員滲透進(jìn)了警察隊(duì)伍之中。隨后，在一次緊張的嫌疑人圍捕行動中，柯南遭遇了偽裝成人質(zhì)的組織核心成員——貝爾摩德。從她口中，柯南得知這一系列血腥案件的背后，竟與一張儲存著黑衣組織內(nèi)部核心人員機(jī)密資料的記憶卡息息相關(guān)。 危機(jī)接踵而至。潛伏在警察內(nèi)部的間諜暗中行動，成功盜取了工藤新一和江戶川柯南的指紋。隨著這兩份關(guān)鍵指紋的比對，工藤新一依然存活并化身柯南的秘密眼看就要被徹底揭穿。這不僅使柯南自身陷入絕境，更將他身邊所有珍視的伙伴——小蘭、阿笠博士以及少年偵探團(tuán)的孩子們——都置于黑衣組織冷酷的追殺威脅之下。時間分秒流逝，柯南必須在身份暴露前，破解連環(huán)殺案的真兇與謎題，揪出深藏的間諜，并從黑衣組織的魔掌中守護(hù)一切，展開一場智力、勇氣與命運(yùn)的巔峰較量。