《美少女戰(zhàn)士S》承接前作，故事始于月野兔與內(nèi)部戰(zhàn)士們升入初三的時期。為了備考高中，她們組織讀書會，但擁有靈力的小麗做了一個預(yù)示世界毀滅的噩夢。新的威脅“死亡變種”利用心魔，四處搜尋擁有“純真之心”的人類，因為純真之心即是塔利斯曼，集齊三顆便能召喚傳說中擁有強(qiáng)大力量的圣杯。小麗首先遇襲，危急關(guān)頭，兩位神秘的新戰(zhàn)士——天才賽車手天王遙（水手天王星）與優(yōu)雅小提琴家海王滿（水手海王星）現(xiàn)身解圍，她們同樣在尋找心能水晶，作戰(zhàn)方式卻更為凌厲。 隨著劇情推進(jìn)，月野兔與地場衛(wèi)的愛情催生了新的月棱鏡，賦予她更強(qiáng)大的力量。在一次次危機(jī)中，外部戰(zhàn)士與內(nèi)部戰(zhàn)士從猜疑走向合作。敵人嘉安莉蘭特與尤迪愛相繼登場，企圖奪取塔利斯曼。在一場關(guān)鍵戰(zhàn)斗中，水手海王星重傷，塔利斯曼顯現(xiàn)為深海鏡；水手天王星交出宇宙劍后倒下。危急時刻，神秘的水手冥王星（冥王雪奈）出現(xiàn)，用第三顆心能水晶奪回寶物，三戰(zhàn)士合力令圣杯現(xiàn)世。月野兔奪得圣杯，完成二段變身，擊敗強(qiáng)敵。 然而，敵人與外部戰(zhàn)士均發(fā)現(xiàn)水手月亮并非預(yù)言中的“救世主”。外部戰(zhàn)士的新任務(wù)是尋找真正的救世主。她們結(jié)識了體弱多病的土萌螢，其父土萌創(chuàng)一教授實為死亡變種干部，而無限學(xué)園正是敵人總部。小螢體內(nèi)蘊(yùn)藏著毀滅戰(zhàn)士水手土星的可怕力量，在戰(zhàn)斗中她被死亡變種侵蝕，吞下小小兔的內(nèi)心結(jié)晶后化為女主人9。真相揭露，戰(zhàn)士們毅然向無限學(xué)園進(jìn)發(fā)，直面最終的黑暗決戰(zhàn)。本季深化了角色成長與羈絆，引入外部戰(zhàn)士拓展世界觀，劇情在戰(zhàn)斗與情感交織中層層推進(jìn)，扣人心弦。