明朝熹宗年間，權(quán)傾朝野的宦官魏忠賢為鞏固權(quán)勢(shì)，大肆構(gòu)陷、殘害忠良。東林黨領(lǐng)袖顧憲成等人欲將揭露其罪行的關(guān)鍵證物“羊皮密卷”呈交皇帝，卻慘遭毒手。危難之際，顧憲成的小女兒小云攜密卷僥幸逃脫，踏上了危機(jī)四伏的逃亡之路。她先是險(xiǎn)遭貪圖賞金的錢(qián)員外出賣，幸得幼女玲玲與小胖相助，又被一位自稱“不知道人”的神秘道士救下，藏匿于荒廟之中。
在廟中，小云結(jié)識(shí)了機(jī)靈的小乞丐石頭，兩人結(jié)伴混跡市井，尋找其他忠良之后，并陸續(xù)遇到了頑童小豆子、鼻涕蟲(chóng)。在一位野道士“飛葉傳書(shū)”的指引下，這群孩子決定前往少林寺尋求庇護(hù)。寺門(mén)前，他們遇到了另一忠良遺孤高天鵬。慈悲為懷的少林寺收留了這群孩子，由青草大師負(fù)責(zé)教導(dǎo)。然而，東廠的耳目無(wú)處不在。一次小云隨武僧至善外出習(xí)劍時(shí)被認(rèn)出，引發(fā)激戰(zhàn)，再度被神秘道士所救。
魏忠賢得知密卷及忠良后代藏身少林后，悍然下令圍攻寺院。為保全孩子們，青草大師與至善護(hù)送他們撤離，而方丈卻被捕為人質(zhì)。為救方丈，小云私自下山，卻陷入東廠的重重包圍。生死關(guān)頭，道士、笑癡僧、青青、苗苗等義士趕來(lái)血戰(zhàn)相救。這場(chǎng)慘烈的戰(zhàn)斗中，道士為保護(hù)小云不幸戰(zhàn)死，小云自己也身中毒箭，最終墜入深井，壯烈犧牲。影片以悲壯的筆觸，刻畫(huà)了在黑暗時(shí)代下，一群少年與義士為正義和忠良血脈所做的殊死抗?fàn)帯?/p>
