《時空轉抄Nazca》講述了一個橫跨現(xiàn)代日本與古印加帝國的奇幻故事。男主角館正成是一位理想主義的美術教師,父母早亡留下豐厚遺產。他在大學做義工時結識了后來成為記者的未婚妻桐竹由花。然而,覬覦其遺產的叔叔設下陷阱,使館在調查海洋污染時遭受輻射感染,身患重病。在絕望中,他前世作為印加帝國貴族戰(zhàn)士“亞瓦爾”的記憶開始復蘇。
另一位主角三浦恭資曾是叛逆少年,因欽佩館正成的劍道而拜其為師。當館在劍道比賽中出現(xiàn)異常時,三浦開始擔憂。隨后,他隨同前往秘魯采訪的桐竹由花,逐漸發(fā)現(xiàn)自己前世是印加戰(zhàn)士“比魯卡”。在前世,比魯卡是被豹神所救的獻祭孩童,由亞瓦爾訓練成為戰(zhàn)士,兩人本是摯友。他們共同愛慕著少女阿古莉雅(桐竹由花的前世),但她被選為喚醒太陽神之力“伊列塔瑟”的貞女,命運由此改變。
隨著印加帝國因王位繼承爆發(fā)內戰(zhàn),亞瓦爾趁亂奪取伊列塔瑟的力量,意圖毀滅舊世界以建立理想國度,這遭到了比魯卡的堅決反對,兩人反目成仇并雙雙犧牲。這份跨越數(shù)百年的恩怨延續(xù)至現(xiàn)代,館正成(亞瓦爾)決意再次發(fā)動神力清洗世界,而三浦恭資(比魯卡)則必須再度阻止他。周圍更多前世關聯(lián)者的記憶相繼蘇醒,分別加入兩個陣營。三浦恭資陷入巨大的內心掙扎:他既是館正成的學生,又是其前世宿敵比魯卡;他既想拯救世界,又難以對恩師下手。這場因古老神力與未了情仇引發(fā)的現(xiàn)代危機,將如何收場?